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3 Methoden

∑

∈

⋅−

Thkl

obs

Thkl

calcobs

free

hklF

hklFkhklF

)(

)()(

Gleichung 3.6

│F

obs

(hkl)│:

Strukturfaktoramplitude aus den

Messdaten

│F

calc

(hkl)│: Berechnete Strukturfaktoramplitude des

Modells

k: Auflösungsabhängiger Skalierungsfaktor

cryst

ist hierbei ein Maß für die Übereinstimmung des Strukturmodells mit den

Messwerten. R

free

wird analog berechnet, jedoch ohne Einbeziehung eines zufällig

ausgewählten Testdatensatzes von 5 % der Reflexe, der nur zur Validierung des

Modells verwendet wird (129).

Darüber hinaus wurden in Coot die Bindungswinkel und -längen, die Rotamere

der Seitenketten im Vergleich zu Standardwerten und die Ramachandran-

Torsionswinkel überprüft. Ein dreidimensionaler Vergleich von Proteinstrukturen

wurde mittels des Programms DALI durchgeführt (90, 91).

3.6.6 Strukturdarstellung

Für die Erstellung von Abbildungen der Strukturmodelle wurde das

Grafikprogramm PyMOL verwendet. Um auch Elektronendichte anzeigen zu können,

wurde mit REFMAC eine entsprechende Datei im mtz-Format erstellt, diese in

PyMOL eingelesen und so modifiziert, dass nur der für die Abbildung relevante Teil

zu sehen war.

3.7 Elektronenmikroskopische Einzelpartikelmessung

3.7.1 Probenvorbereitung

Sämtliche elektronenmikroskopische Untersuchungen wurden von Frau Dr. Dilem

Hizlan, Frau Dr. Janet Vonck und Frau Ming Yang am Max-Planck-Institut für

Biophysik in Frankfurt durchgeführt.

Beim Verfahren mit Negativfärbung wurde die auf ein Trägernetz aufgetragene

Probe des Mtr-Komplexes (MtrA-H) mit 1 % Uranylacetat als Kontrastmittel versetzt

und luftgetrocknet. Das Kontrastmittel bildet um die Probenpartikel eine amorphe,

vom Elektronenstrahl nicht durchdringbare Schicht, sodass die Partikel in der

elektronenmikroskopischen Untersuchung hell vor dunklem Hintergrund erscheinen.

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