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3 Methoden

beobachteten Strukturfaktoren aus den Messdaten F

obs

ermöglichen die Erstellung

von Elektronendichtekarten.

3.6.4 Modellbau und Verfeinerung

Zum Modellbau wurde in dieser Arbeit das Grafikprogramm Coot benutzt (89), bei

dem anhand des Vergleichs der (2F

obs

– F

calc

)-Elektronendichtekarte, die eine

Hüllfunktion des Modells darstellt, mit der Differenz-Fourierkarte (F

obs

– F

calc

), die die

Unterschiede zwischen dem Modell und den gemessenen Daten anzeigt, eine

manuelle Anpassung des zuvor erstellten groben Modells vorgenommen wurde. Das

neue, verbesserte Modell floss dann in die Verfeinerung mit dem Programm

REFMAC ein (128), bei dem mittels Minimierung der Atomkoordinaten und des B-

Faktors sowie durch die Einführung von NCS-restraints eine neue

Elektronendichtekarte berechnet wurde, welcher wiederum im nächsten Schritt in

Coot das Modell angepasst wurde. In mehreren Durchgängen wurde sich so Schritt

für Schritt der tatsächlich vorliegenden Struktur angenähert.

Für die Substrate Methylen-H

MPT und Methenyl-H

MPT

sowie das Cosubstrat

420

wurden zunächst separat mit dem Programm PRODRG Modelle berechnet und

manuell angeglichen (97). Diese wurden sodann in Coot in die Differenz-

Fourierkarten modelliert und ebenfalls der schrittweisen Verfeinerung mittels

REFMAC und Coot unterzogen.

3.6.5 Validierung von Proteinstrukturen

Um den Fortschritt der Verfeinerung und die Qualität der vorliegenden Struktur zu

beurteilen, wurden die in REFMAC angegebenen R-Faktoren beobachtet (siehe

Gleichung 3.5 und 3.6).

∑

⋅−

hkl

obs

hkl

calcobs

cryst

hklF

hklFkhklF

)(

)()(

Gleichung 3.5

1 2 ... 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 ... 143 144

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